5 декабря 1949 года - Распоряжением Председателя Совета Министров СССР издается указ о переводе в Карагандинский медицинский институт профессоров, преподавателей, а также студентов, закончивших первый курс, из ликвидируемого Казанского стоматологического института. 1 сентября 1950 года Карагандинский медицинский институт открыл двери для своих первых 127 студентов. На единственном лечебном факультете -11 кафедр, 23 преподавателя, из них 3 доктора и 3 кандидата наук. 1952 году - открыта аспирантура и ординатура.1955 год - Карагандинский мединститут впервые завершил выполнение полного объема шестилетнего учебного плана и произвел первый выпуск – 94 врача. 15 из них закончили ВУЗ с отличием. В1957 году - Институт получил право защиты кандидатских диссертаций на Ученом совете.

В 1961 году институту была присвоена первая категория, год спустя – открыт педиатрический факультет. В 1967 г. утвержден перечень научных специальностей: акушерство и гинекология, анатомия человека, внутренние болезни, патологическая физиология, хирургия, биологическая химия, в соответствие с которыми Учёному совету КарМИ разрешено принимать к защите кандидатские диссертации и присуждать ученую степень кандидата медицинских наук. Всего с 1958 по 1972 г. проведено 186 защит диссертаций на соискание степени кандидата медицинских наук и 23 – на соискание доктора медицинских наук.

В 1974 году создан научно-исследовательский сектор (НИС), через 2 года приобрел славу надежного партнера и высококвалифицированного исполнителя заказной научно-практической тематики. В 1978 году был открыт стоматологический факультет. В профессорско-преподавательский состав Карагандинского медицинского института входили высококвалифицированные научно-педагогические кадры с учеными степенями на уровне, превышающем средний показатель по всему Советскому Союзу. Открывается ряд новых кафедр.

Организован факультет по подготовке средних медицинских работников. Во Всесоюзном социалистическом соревновании среди медицинских и фармацевтических вузов, институтов усовершенствования врачей за 1985 год и XI пятилетку в целом Карагандинскому государственному медицинскому институту присуждено второе место среди медицинских вузов СССР. За достигнутые успехи вручен Диплом Министерства и денежная премия.

В 1990 году - открыто казахское отделение. В 1991 году основан Научно-исследовательский центр. Появились подготовительное отделение для иностранных граждан и общемедицинский факультет как единая ступень теоретической подготовки студентов лечебного, педиатрического и санитарно-гигиенического факультетов. 1992 г. в открыт медико-биологический факультет, а на базе отдела программно-технических средств обучения организован информационно-вычислительный центр (ИВЦ). В 1993 году в институте стал функционировать факультет повышения квалификации врачей и средних медработников. В1997 году Карагандинский государственный медицинский институт преобразован в Карагандинскую государственную медицинскую академию. В 1999 году на базе деканата для иностранных граждан был создан отдел международного сотрудничества для обучения иностранных студентов.

В 2001 году открыто английское отделения для иностранных студентов. В 2002 году появились фармацевтический факультет, факультет восточной медицины и медицинский колледж.  В 2002 году вуз получил лицензию на осуществление медицинской деятельности. Была открыта стоматологическая клиника. В этом же году студенты получили возможность медицинского обслуживания в студенческой поликлинике. Начала функционировать первая в Республике вузовская учебно-клиническая лаборатория. В 2005 г. вуз первым в СНГ прошел сертификацию системы менеджмента качества уполномоченным органом NQA-UK, NQA-Russia.

2010 г. Карагандинский государственный медицинский университет признан лучшим медицинским высшим учебным заведением Казахстана согласно рейтингу НКАОКО, в это же время вуз успешно прошел институциональную аккредитацию. 2009 год: «Карагандинская государственная медицинская академия» переименовано в «Карагандинский государственный медицинский университет». В 2011 году ВУЗ занимает - первое место среди университетов Казахстана по результатам промежуточного государственного контроля. В 2011 году университет включен в директорий медицинских школ «Авиценна» Всемирной организации здравоохранения (World Directory of Medical Schools, WHO). 2012 - КГМУ получено право на ведение образовательной деятельности по программам PhD-докторантуры по специальностям «Медицина», «Общественное здравоохранение», «Фармация». В 2007 г. КГМА впервые проводит исследования в области медицинского образования в рамках научно-технической программы «Научное сопровождение реализации Концепции реформирования медицинского и фармацевтического образования в Республике Казахстан (2007-2009)». В это же время вуз впервые принимает участие в рейтинге университетов Министерства образования и науки Республики Казахстан и занимает первое место среди медицинских вузов страны.

В 2016 году получен первый Евразийский патент Eurasian Patent Ofice на изобретение по ортопедии. Аккредитована Научно-исследовательская санитарно-гигиеническая лаборатория НИЦ КГМУ на соответствие требованиям СТ РК ISO/IEC17025-2007..

В 2017 году КГМУ занял I место по индикаторам результативности научной деятельности среди медицинских вузов; II место в Генеральном институциональном рейтинге медицинских вузов РК; I место в рейтинге образовательных программ по специальности «Общая медицина».

КГМУ – единственный медицинский вуз, принятый в Евразийский проект по внедрению предпринимательского образования в вузах РК. В 2017 году студенты университета получили I премию по итогам конкурса «Мейкатон» среди студенческих инновационных проектов РК.

Университет выиграл 3 гранта Евросоюза по программе Эразмус+ по трем проектам: «Гармонизация и взаимное признание магистерских программ в области гигиены труда и окружающей среды», HARMONEE (2020 – 2023 годы); «Ускоренное развитие сестринского образования на уровне магистратуры и докторантуры в системе высшего образования в Казахстане», AccelEd (2020 – 2023 годы); «Содействие развитию врача 21 века: обучение навыкам пациент-центрированного общения», FOR21 (2020 – 2023 годы).

I место в рейтинге НПП «Атамекен» заняли образовательные программы университета «Общая медицина», «Стоматология» и «Фармация».

Главный аттестат университета – его выпускники. Более 33 тысяч высококвалифицированных врачей успешно и плодотворно трудятся во всех регионах Казахстана, ближнем и дальнем зарубежье. И сегодня НАО «МУК» продолжает писать свою историю традиций качественного преподавания, союза образования, науки и практики, международного признания, постоянного совершенствования подготовки специалистов в соответствии с современными требованиями.